健康経営優良法人の認定取得後、ミイダスとの契約が終了したら認定は取り消される?

いいえ、認定は取り消されません。

ミイダスとの契約の有無は認定に関係ないため、取り消されることはありません。
認定の有効期限は取得から1年間です。